Estaba emparentado con Martín Lutero. Fue educado en las famosas escuelas de gramática de Schulpforta y Gotha y en 1568 se matriculó en la Universidad de Jena. Durante muchos años fue Kantor en Gotha. El 1 de enero de 1598, probablemente refiriéndose a su trabajo en este puesto, se describió a sí mismo como estando en su vigésimo séptimo año como empleado del duque Johann Casimir de Sajonia, a cuyo servicio por lo tanto debe haber entrado en 1572, el año en que la regencia de Gotha había sido trasladada al duque de la casa Sajonia-Coburgo. Evidentemente jugó un papel activo en la vida musical de Gotha. Se comunicaba con numerosos otros músicos, entre ellos Philipp Avenarius, Melchior Franck y Bartholomäus Helder.

Todavía en 1634 era miembro del consejo de la ciudad. Su trabajo como músico y maestro mejoró la posición social de la música en la zona, en beneficio indudable de varios de sus contemporáneos más jóvenes, especialmente Michael Altenburg. También hizo mucho para fomentar en Turingia el interés en la música italiana reciente. Puede haber estudiado en Italia; Ciertamente tenía contactos allí, en particular, con Gastoldi. Su obra más importante es "Amorum filii Dei decades duae ... Zwantzig Weyhenachten Gesenglein ... zum Theil unter ... Madrigalia und Balletti" (Erfurt, 1594, 1596 y 1598), una antología de tres volúmenes de contrafacta de piezas seculares italianas de cinco partes. Ocho son de Gastoldi, y el título en latín de la colección puede quizá ser visto como recordando las piezas "Amor, tu che congiungi" y "Filli vezzosa e lieta" de Gastoldi.

El tío de Lindemann, Cyriak Lindemann, probablemente conocía a Georg Fabricius, uno de los principales himnólogos del período de la Reforma, que estudió en Italia durante cuatro años. La especial importancia de Johannes Lindemann como uno de los primeros en unir el madrigal italiano con la tradición coral de Alemania central y Turingia llama de este modo la atención. Un ejemplo lo proporciona su coral "In dir ist  Freude", un contrafactum de "L'innamorate" de Gastoldi, que se convirtió en uno de los corales protestantes más conocidos. Casi toda la música de Lindemann está perdida, aunque hay himnos aislados en el "Cantionale sacrum" (Gotha, 1646-48) y en otras colecciones de Turingia.